学生的管理机构不同，自考是各级自考办公室，专升本是院校。证书的颁发机构不同，自考是高等教育自学考试委员会，专升本是院校。学制不同，专升本有学制，自考没有学制。
自考本科是我国基本高等教育制度之一，自考文凭效力与个人的努力学习程度相关，考生成绩合格后由主考学校和高等教育自学考试委员会，联合颁发大学毕业证书，国家承认学历，学信网可查，符合条件者由主考大学授予学士学位。还可以继续攻读硕士学位。
统招专升本是全日制普通高等教育性质的本科，指在普通高等学校专科应届毕业生中选择优秀学生升入普通高等学校本科层次进行两年制的深造学习，修完所需学分，毕业时授予普通高等教育本科学历证书，符合条件颁发学位证书，并核发本科就业报到证。
自考本科和专升本的不同，体现在毕业证上，自考本科的毕业证会标注有自考字样，专升本和普通的本科毕业证相同，但并不影响自考本科文凭的认可度，因为自考生要想考取自考本科文凭，往往需要一定的自学能力和自制力，才能坚持完成学习，最后顺利毕业，而这些能力恰是企业所认可的。统招专升本属于国家计划内统一招录(统招)。列入当年普通高校招生计划，享受与普通四年制本科同等待遇。
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