有区别。函授高起专和专升本学制为两年半，高起本学制为五年，寒暑假会在函授站进行集中授课。自考没有学制方面的限制，考生只要考完报考专业的所有科目，并且都合格通过，提交相关毕业材料即可申请毕业。
报名条件：报读函授专升本的考生须是已持有国家承认的专科学历证书的人士，报读某些专业还需满足特定的要求；而自考的报名条件轻松，凡是中华人民共和国公民，不受性别、年龄、学历、种族、民族、居住地、身体健康状况等条件限制，均可报考，但本科考生在毕业前需交验国家承认的专科学历证书。
考试形式：函授专升本设有入学考试，考生要参加国家统一的成人高考考试，考前还要填志愿，考核的标准除了各科成绩外，还会参考平时的表现；自考不需参加入学考试，选好专业后，按课程设置学习，参加单科考试，合格一门，发一门的合格证书，所有科目合格后，才可申请毕业，颁发学历证书。
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