定义不同：自考是对自学者进行的以学历考试为主的高等教育国家考试，是个人自学、社会助学和国家考试相结合的高等教育形式；专升本考试是大学专科层次学生进入本科层次阶段学习的选拔考试的简称，主要分为两大类，一种是统招专升本，另一种是成人专升本。
报名条件不同：普通高校专升本招生对象仅限统招专科大三学生，其他学生无资格报考，且报考专升本的考生只能选择与专科阶段所学专业相对口的本科专业，在院校选择上也受到一定限制，通常只能报考本省内设有相关对口专业的高校，不允许跨省报考。
而自考本科对年龄、学历、种族、民族、居住地、身体健康状况等都没有特殊要求，考生在毕业前交验国家承认的专科学历证书即可。此外，考生可以自由选择自考本科专业和院校。
学习形式不同：普通高校专升本考试是高等院校根据国家招生计划，组织出色专科生在专科学习阶段的第三学年参加全省教育厅高教处统一组织的招生考试，录取后再进入全日制普通高校就读两年，毕业后发全日制普通高校专升本二年制本科毕业文凭。
自学考试专升本是各类考生根据本人兴趣和爱好，选报自学考试的本科专业，修完本科专业全部课程，且考试成绩合格，方可获得本科毕业文凭，毕业文凭上有两个印章，一个是主考院印章，另一个是省自考委员会印章，高等教育自学考试文凭与其他国民高等教育文凭在法律上具有等同效力。
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