收费标准不同：全日制是以国家高校收费为标准；自学考试是按各省自考办为标准。学习方式不同：自学考试学习方式主要是以助学单位辅助学习或者是自学；全日制本科是通过正规文凭进入普通高校学习获取的文凭。
考试时间及方式不同
全日制考试是通过每年6月份的高考进行选拔进入普通高校全日制学习获取的文凭由全国统一进行命题，进行考试。
自学考试是由全国统一进行的考试，考试时间为4月份和10月份，一些省份考试为4次，分别是1月份，10月份，4月份和10月份。考生单科成绩不通过可重复进行报考，是由全国考委和自考委进行命题的。
毕业要求不同
全日制本科的毕业生要求是将院校所设置的学分修满，毕业论文答辩通过即可毕业。
自学考试本科生需要将自己所报考的专业的课程通过考试达到及格分数线60即可申请毕业，本科生如有毕业论文的考生需要通过毕业论文答辩，在规定的时间内申请毕业即可。
毕业证书不同
一个是全日制本科证书，一个是自学考试本科证书。
自学考试本科证书共有两个印章，一个是主考院校的章，一个是各地自学考试委员会的印章。
学历不同
自学考试是第二学历，非全日制学历。
全日制本科属于第一学历，全日制学历。
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