包括公共课、基础课、专业课和选修课四部分，通常情况自考专科需要考16门左右的科目，自考本科需要考20门左右，具体考什么科目由考生选择的专业所定，但是公共课基本上都是中国近代史纲要、马克思基本原理概论和英语二。
所有专业或者同类专业应考者都必须参加的课程，如《马克思主义基本原理概论》、《中国近代史纲要》、《英语(二)》、《政治经济学》等。基础课是指某一专业的应考者学习的基础理论、基本知识和基本技能的课程，其作用是为应考者掌握专业知识、学习科学技术，发展他们有关能力打下坚实的基础。
专业课是自学考试数量最多的课程，一般在8至10门左右，专业课的设置都是由各主考学校按照本校相关专业的教学要求设置的，比如法律专业的专业课包括民法、刑法、商法、国际法等，计算机应用包括数据结构导论、数据库原理、计算机网络与通信等。专业课还分为学位课程专业课和非学位课程专业课，一般主考院校都要求学位课程专业课成绩达到一定要求才能申请学位证书。
部分专业毕业生可免考课程：专科及以上毕业生，可免考本、专科段中以原学专业基础知识所组成的课程。如中文专业毕业生，可免考《大学语文》;物理专业毕业生，可免考《物理(工)》等。
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